بعد از دو دهه فعالیت چشمگیر موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) در زمینه آموزش عالی برای طلاب و فضلای حوزه های علمیه، درخواست فراوانی از سوی مشتاقات فراگیری علوم و معارف اسلامی، به ویژه قشر جوان و فرهنگی کشور، برای طی دوره آموزش معارف اسلامی متناسب با نیاز های فکری و فرهنگی جامعه مطرح گردید. پرداختن به این نیاز و پاسخ گویی مناسب آن، مد نظر مسئولان موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی (ره) قرار گرفت و مرکز آموزش مجازی و نیمه حضوری فرهنگ و معارف اسلامی، در سال 1385 تحت اشراف حضرت علامه مصباح یزدی آغاز به کار کرد و از آن تاریخ تاکنون، این مرکز آموزشی با اعطای مدرک رسمی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری از طریق سازمان سنجش (با آزمون و بدون آزمون) اقدام به جذب دانشجو می ­کند.

با توجه به ضرورت پاسخگویی به سوالات تخصصی و مقابله با هجمه های اعتقادی و فرهنگی شدید، و تربیت اندیشمندان توانمند جهت ترویج علوم انسانیِ مبتنی بر علوم اسلامی، مدیران ارشد موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی به عنوان نهادی حوزوی و جهت بسترسازی این مهم در میان دانشجویان، اقدام به توليد و راه اندازي رشته هاي مرتبط با رسالت خود در مقطع كارشناسي ارشد مورد تاييد وزارت علوم، تحقيقات و فن آوري و از طريق آزمون سراسري، نمودند. در این دوره های آموزشی آشنایی با علوم و معارف اسلامی در حد مقطع کارشناسی ضروری بوده و با این پشتوانه، دانشجویان پذیرفته شده مقدمات ورود به عرصه تولید علوم اسلامی متناسب با رشته تحصیلی خود را فرا می گیرند.